Development and Testing of the OPLS-AA/M Force Field for RNA
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Optimization of the OPLS-AA Force Field for Long Hydrocarbons.
The all-atom optimized potentials for liquid simulations (OPLS-AA) force field is a popular force field for simulating biomolecules. However, the current OPLS parameters for hydrocarbons developed using short alkanes cannot reproduce the liquid properties of long alkanes in molecular dynamics simulations. Therefore, the extension of OPLS-AA to (phospho)lipid molecules required for the study of ...
متن کاملDevelopment and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids
The parametrization and testing of the OPLS all-atom force field for organic molecules and peptides are described. Parameters for both torsional and nonbonded energetics have been derived, while the bond stretching and angle bending parameters have been adopted mostly from the AMBER all-atom force field. The torsional parameters were determined by fitting to rotational energy profiles obtained ...
متن کاملthe survey of the virtual higher education in iran and the ways of its development and improvement
این پژوهش با هدف "بررسی وضعیت موجود آموزش عالی مجازی در ایران و راههای توسعه و ارتقای آن " و با روش توصیفی-تحلیلی و پیمایشی صورت پذیرفته است. بررسی اسنادو مدارک موجود در زمینه آموزش مجازی نشان داد تعداد دانشجویان و مقاطع تحصیلی و رشته محل های دوره های الکترونیکی چندان مطلوب نبوده و از نظر کیفی نیز وضعیت شاخص خدمات آموزشی اساتید و وضعیت شبکه اینترنت در محیط آموزش مجازی نامطلوب است.
-Ketoamides and -Ketocarbonyls: Conformational Analysis and Development of All-Atom OPLS Force Field
ÐThe molecular structures and barriers for the internal rotation around the OCÿCO single bond in four a-ketoamides and eight a-ketocarbonyls have been determined from the MP3/aug-cc-pVDZ and MP2/aug-cc-pVDZ calculations. a-Ketocarbonyls with non-bulky substituents adopt planar conformations with two carbonyl oxygens in s-trans arrangement. The s-cis conformation is signi®cantly less stable due ...
متن کاملazerbaijans political development after the collapse of soviet union and implication on relation with the islamic republic of iran
در فصل اول این پایاین نامه در خصوص تاریخ کشور اذربایجان قبل و بعد از جدایی این کشور از ایران مورد بررسی قرار گرفته است ودر فصل دوم تحولات سیاسی این کشور بعد از 1991 و در واقع بعد از فروپاشی شوروی و دولتهایی که روی کار امدند در از جمله دولت ابولفضل ایلچی بیگ،دولت حیدر علی اف وبعد از او پسرش الهام علی اف و نگرش هرکدام از این دولتها به سیاسیت خارجی اذربایجان مورد اشاره قرار گرفته است.در ودر فصل سو...
ذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Chemical Theory and Computation
سال: 2019
ISSN: 1549-9618,1549-9626
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00054